基因定序服務


服務說明

為提供更好的定序服務,本中心與基龍米克斯簽訂「前瞻技術產學合作教育平台備忘錄」,即日起定序樣品將與基龍米克斯合作處理,校內規格定序樣品價格一支為110元,先儲值金額者價格一支為100元。另新增基米規格 菌液/菌盤,plasmidPCR product檢體一支170元。採用ABI 3730系統,定序結果平均約可達 700 ~ 800 bps,最長可達1000 bps


定序樣品要求


校內規格:

為確保定序品質及增加成功率,所有樣品請依以下步驟準備:

(1)   送樣品前請先純化,確定只有單一序列並無其他干擾物(protein, chromosome DNA, RNA, salt, dNTP, PCR primer, detergent etc.,),通常使用kit純化會有較好的純度,若未純化而導致毛細管受損,必須照價賠償

(2)   DNA template溶於5 μl ddH2O中,請勿溶於任何buffer或是含有EDTA之溶劑內。

(3)   確認樣品為單一片段。

(4)   DNA template qualityA260/280=~1.8  260/230 >2.0

(5)   DNA template quantity請依照以下範圍:過多或過少都不佳,請跑膠比對marker確認濃度

樣品種類

含量

double-strand plasmid~5k

0.2~0.5 μg

double-strand plasmid~10k

Phage or cosmid

0.5-1ug

2 μg

Single-strand DNA plasmid

0.25 μg

PCR product  100bp / per

3~5ng

(6)   Primer quantity3~5 μM,取1 μl

本實驗室免費提供下列通用引子M13F / M13R / SP6 /T3 / T7/ T7t,若需我們提供,請於委託單中註明。

(7)   DNA 序列出現GC rich 或是二級結構的序列,請在備註註明您的樣品有GC rich sequence或是二級結構,我們會作特殊處理。樣品價格另加50元。

基米規格: (詳細內容請參照基米網頁)

樣品種類

注意事項

B-Bacterial Colony

L-Liquid Culture

請標明樣品名稱、菌種所含Plasmid及抗生素種類

D-Plasmid DNA

請標明DNA純化所使用 Kit 種類,並標示DNA濃度。DNA濃度需大於 0.1 μg/μl,一個定序反應至少提供10 μL

P-PCR Product

PCR產物需大於 0.05 μg/μL,體積約 10 μL,附上電泳圖照片(標明樣品及DNA marker),於訂單上註明是否已純化。

Primer

一次定序反應primer5 μL,濃度應大於5μM

(1)     定序所需的 Primer 可選用本公司免費提供之 Universal Primer,並於表格上註明。

(2)     提供樣品如為菌液,需提供 3-5ml 並且為 24 小時內新鮮之菌液,避免菌體太老或死亡,造成抽出品質不佳之 plasmid DNA

(3)     樣品請裝於 1.5ml eppendorf tube 0.2 ml PCR Tube,附上 DNA template 及單一股 primer,勿將Forward Reverse primer 混合。

(4)     若待分析的 DNA 定序樣品已知有特殊結構( GC-rich 或是 Homopolymeric regions 存在),請於送件單的備註欄註明,我們將以特殊條件做處理。樣品價格另加50元。

(5)       PCR 產物定序用之 primer 請標示 GC content、濃度、Tm (建議 primer Tm = 50°C~55°C) PCRannealing 的溫度。

(6)     針對 PCR 產物如存有其他非單一產物,本公司目前尚未提供切膠服務,需由客戶自行切膠後送件,我們將提供膠體純化之服務,但需注意膠體大小需小於200mg,若膠體過大則會影響純化後 DNA 之品質。

(7)     樣品種類縮寫代碼 B-Bacterial ColonyL-Liquid CultureD-Plasmid DNAP-PCR Product

(8)       若樣品為菌體或plasmid DNA,請標示清楚vector;若為PCR產物,請務必勾選未純化或已純化,若樣品已純化處理完成請標明純化方式。

(9)     若須於定序完成後歸還 plate 或純化所得之DNA樣品,請於備註欄上註明;樣品及引子保留時間為一個月。




      送件地點、

      1.       簡易定序流程:

      Ø  填寫定序申請單表格 email申請單寄至seq305@gmail.com 基米專人至實驗室收件,或送樣品至TECHCOMM304R或是生技中心305R結果於1-2個工作天後至基米系統下載

      Ø  注意事項:請於訂單備註處 填寫PI姓名

      2.       收件方式與地點:

      pick up填寫取件地點,會由基米專人至指定地點取件,或親送臺大生物技術中心核酸定序核心實驗室3305臺大生科館3304 TechComm實驗室,收件時間為每週一至週五,早上九點至下午四點。如遇國定假日暫停收件。


      收費標準

      1.       臺大校內規格為每一條定序先儲值新台幣100元,無儲值者一條為110元。繳費方式:可以現金或預借收據方式支付服務費。

      2.       基米規格(plasmid、菌液菌盤、PCR產物) 每一條定序新台幣170元,由基米公司開立發票,只能開台灣大學抬頭發票


      樣品標示方式說明

      樣品名稱標示方法:

          因系統轉檔之故,樣品名稱不得超過8個字元,同時不能重複命名。樣品命名請使用英文字母與阿拉伯數字,同時字元間不可有空格。符號方面可使用”-“ ”_”,但請勿使用其它特殊符號

      樣品送件方式:

      請將樣品依照核酸定序檢體單之填單順序,標示數字,並放在夾鏈袋中,袋內紙條註明姓名、PI、電話、樣品種類、數量。

      S: 校內規格樣品。樣品請裝於0.2 ml PCR Tube或是8連排

      D: 基米規格double-strand plasmid

      P: 基米規格 PCR Product

      B: 基米規格Bacterial Colony/ Liquid Culture

      例如陳小明、沈湯龍、33665000S50

                       王大銘、沈湯龍、0988123456P2


      定序樣品規格

      4種規格

      1. 校內規格S : double-strand plasmid ~5k 0.2~0.5ug~10k 0.5-1ug in 5ul + 1ul 5uM primerPCR product 3-5ng/100bp in 5ul + 1ul 5uM primer 100/110

      2. 基米規格B-Bacterial Colony /L-Liquid Culture:菌盤或需提供 3-5ml 並且為 24 小時內新鮮之菌液170

      3. 基米規格D-Plasmid DNA: 請標明DNA純化所使用 Kit 種類,並標示DNA濃度。DNA濃度需大於 0.1 μg/μl,一個定序反應至少提供10 μL。一次定序反應primer5 μL,濃度應大於5μM170

      4. 基米規格P-PCR Product: PCR產物需大於 0.05 μg/μL,體積約 10 μL,附上電泳圖照片(標明樣品及DNA marker),於訂單上註明是否已純化。一次定序反應primer5 μL,濃度應大於5μM170


      聯絡資訊

      seq305@gmail.com
      02-33665089 
      黃怡靜副技師

      台北市大安區長興街81305

      l   如對本中心提供之核酸定序服務有任何問題或建議,歡迎來信告之。

      l   懇請您將有使用我們的服務所發表的期刊與我們分享,請於發表文章時惠予致謝台大生技中心核酸定序核心,以便於收集統計,做為服務成效評鑑之用。致謝文字參考如下:

      We would like to acknowledge the service provided by the DNA Sequencing Core of Center for Biotechnology , National Taiwan University.

      若您的論文已發表,請您將PDF e-mail 給本核心實驗室(seq305@gmail.com),無限感激。

       


      檔案下載

      請依不同類型樣品填寫不同的訂購單,校內規格定序樣品(S_SeqNTU),基米規格 菌液/菌盤(B-Bacteria)plasmid(D_Plasmid)PCR product(P_PCR)

      Ø  注意事項:請於訂單備註處 填寫PI姓名

      B_Bacteria      D_Plasmid      P_PCR      S_SeqNTU


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