基因定序服務

服務說明

為提供更好的定序服務，本中心與基龍米克斯簽訂「前瞻技術產學合作教育平台備忘錄」，即日起定序樣品將與基龍米克斯合作處理，校內規格定序樣品價格一支為110元，先儲值金額者價格一支為100元。另新增基米規格 菌液/菌盤，plasmid和PCR product檢體一支170元。採用ABI 3730系統，定序結果平均約可達 700 ~ 800 bps，最長可達1000 bps。

定序樣品要求


校內規格:

為確保定序品質及增加成功率，所有樣品請依以下步驟準備：

(1)   送樣品前請先純化，確定只有單一序列並無其他干擾物(protein, chromosome DNA, RNA, salt, dNTP, PCR primer, detergent etc.,)，通常使用kit純化會有較好的純度，若未純化而導致毛細管受損，必須照價賠償。

(2)   將DNA template溶於5 μl ddH2O中，請勿溶於任何buffer或是含有EDTA之溶劑內。

(3)   確認樣品為單一片段。

(4)   DNA template quality：A260/280=~1.8  260/230 >2.0

(5)   DNA template quantity請依照以下範圍：過多或過少都不佳，請跑膠比對marker確認濃度。

樣品種類

含量

double-strand plasmid~5k

0.2~0.5 μg

double-strand plasmid~10k

Phage or cosmid

0.5-1ug

2 μg

Single-strand DNA plasmid

0.25 μg

PCR product  100bp / per

3~5ng

(6)   Primer quantity：3~5 μM，取1 μl

本實驗室免費提供下列通用引子M13F / M13R / SP6 /T3 / T7/ T7t，若需我們提供，請於委託單中註明。

(7)   DNA 序列出現GC rich 或是二級結構的序列，請在備註註明您的樣品有GC rich sequence或是二級結構，我們會作特殊處理。樣品價格另加50元。

Sample Submission Guidelines

1.     Before sequencing, you must remove all residual PCR primers, unincorporated nucleotides, salt and protein from the DNA sample. Furthermore, we strongly recommend check the size and purity by agarose gel electrophoresis.

2.     Plasmid DNA should measure the ratio of the absorbance at 260 and 280 nm after purify. The ratio of sample should be around1.7~1.9. OD 260/230>2.0

3.     Please dissolve DNA in nuclease-free water or DI water, dissolving DNA in TE buffer is not recommended.

4.     Please transfer DNA into 0.2ml PCR tube, each tube should contain: (1) DNA add water to 5ul

(2)One user primer (you may also select one primer which we provide) Primer quantity：3~5 μM，add 1 μl

5.     Following is the table of DNA amount used in sequence

Template Type

DNA Amount 

double-strand plasmid~5k

0.2~0.5 μg

double-strand plasmid~10k
Phage or cosmid

0.5-1 μg
2 μg

Single-strand DNA plasmid

0.25 μg

PCR product   100 bp/per              

3-5ng

 

6.     We offer 6 universal primers( M13F / M13R / SP6 /T3 / T7/ T7t) in sequencing. If you chose these 6 primers in DNA sequencing-work request form, it is not necessary to add primer to sample anymore. Just transfer appropriate amount of DNA into tube and adjust the volume with DI water to 5μl. ​

7.     Single tube: Your samples must be in 0.2 ml flip-top micro-centrifuge tubes, no-stick on labels or tape. Please make sure your sample name should be accord with the application form(label :100-1 ,100-2 )

8.     Sent “SeqNTU excel form” of your order to seq305@ntu.edu.tw

9.     Cost: NTD$100 for each DNA sequencing reaction.

Technical Support: If you have questions, we are available for assistance, at seq305@gmail.com.

Technician: I Ching , Huang

基米規格: (詳細內容請參照基米網頁)

樣品種類

注意事項

B-Bacterial Colony

L-Liquid Culture

請標明樣品名稱、菌種所含Plasmid及抗生素種類

D-Plasmid DNA

請標明DNA純化所使用 Kit 種類，並標示DNA濃度。DNA濃度需大於 0.1 μg/μl，一個定序反應至少提供10 μL。

P-PCR Product

PCR產物需大於 0.05 μg/μL，體積約 10 μL，附上電泳圖照片(標明樣品及DNA marker量)，於訂單上註明是否已純化。

Primer

一次定序反應primer需5 μL，濃度應大於5μM。

(1)     定序所需的 Primer 可選用本公司免費提供之 Universal Primer，並於表格上註明。

(2)     提供樣品如為菌液，需提供 3-5ml 並且為 24 小時內新鮮之菌液，避免菌體太老或死亡，造成抽出品質不佳之 plasmid DNA。

(3)     樣品請裝於 1.5ml eppendorf tube 或 0.2 ml PCR Tube，附上 DNA template 及單一股 primer，勿將Forward 及 Reverse primer 混合。

(4)     若待分析的 DNA 定序樣品已知有特殊結構(如 GC-rich 或是 Homopolymeric regions 存在)，請於送件單的備註欄註明，我們將以特殊條件做處理。樣品價格另加50元。

(5)       PCR 產物定序用之 primer 請標示 GC content、濃度、Tm 值(建議 primer Tm = 50°C~55°C)及 PCR時annealing 的溫度。

(6)     針對 PCR 產物如存有其他非單一產物，本公司目前尚未提供切膠服務，需由客戶自行切膠後送件，我們將提供膠體純化之服務，但需注意膠體大小需小於200mg，若膠體過大則會影響純化後 DNA 之品質。

(7)     樣品種類縮寫代碼 B-Bacterial Colony；L-Liquid Culture；D-Plasmid DNA；P-PCR Product。

(8)       若樣品為菌體或plasmid DNA，請標示清楚vector；若為PCR產物，請務必勾選未純化或已純化，若樣品已純化處理完成請標明純化方式。

(9)     若須於定序完成後歸還 plate 或純化所得之DNA樣品，請於備註欄上註明；樣品及引子保留時間為一個月。



      送件地點、

      1.       簡易定序流程：

      Ø  填寫定序申請單表格 email申請單寄至seq305@gmail.com 基米專人至實驗室收件，或送樣品至TECHCOMM304R或是生技中心305R結果於1-2個工作天後至基米系統下載

      Ø  注意事項:請於訂單備註處 填寫PI姓名

      2.       收件方式與地點：

      pick up填寫取件地點，會由基米專人至指定地點取件，或親送臺大生物技術中心核酸定序核心實驗室3樓305室或臺大生科館3樓304室 TechComm實驗室，收件時間為每週一至週五，早上九點至下午四點。如遇國定假日暫停收件。

      收費標準

      1.       臺大校內規格為每一條定序先儲值新台幣100元，無儲值者一條為110元。繳費方式：可以現金或預借收據方式支付服務費。

    •         (未儲值金額為110元。未儲值以110元繳費完成的實驗室，本中心將於每年的1月及7月初，統一結算返還10元差價，退至儲值金或於下次結算定序金額予以扣除。但欠款超過12個月者，將不予返還差價，謝謝。)

      2.       基米規格(plasmid、菌液菌盤、PCR產物) 每一條定序新台幣170元，由基米公司開立發票，只能開台灣大學抬頭發票。

      樣品標示方式說明

      樣品名稱標示方法：

          因系統轉檔之故，樣品名稱不得超過8個字元，同時不能重複命名。樣品命名請使用英文字母與阿拉伯數字，同時字元間不可有空格。符號方面可使用”-“ 和”_”，但請勿使用其它特殊符號。

      樣品送件方式：

      請將樣品依照核酸定序檢體單之填單順序，標示數字，並放在夾鏈袋中，袋內紙條註明姓名、PI、電話、樣品種類、數量。

      S: 校內規格樣品。樣品請裝於0.2 ml PCR Tube或是8連排

      D: 基米規格double-strand plasmid

      P: 基米規格 PCR Product

      B: 基米規格Bacterial Colony/ Liquid Culture

      例如:  陳小明、沈湯龍、33665000、S、50支

                       王大銘、沈湯龍、0988123456、P、2支

      定序樣品規格

      共4種規格

      1. 校內規格S : double-strand plasmid ~5k 0.2~0.5ug，~10k 0.5-1ug in 5ul + 1ul 5uM primer，PCR product 3-5ng/100bp in 5ul + 1ul 5uM primer 100/110元

      2. 基米規格B-Bacterial Colony /L-Liquid Culture:菌盤或需提供 3-5ml 並且為 24 小時內新鮮之菌液170元

      3. 基米規格D-Plasmid DNA: 請標明DNA純化所使用 Kit 種類，並標示DNA濃度。DNA濃度需大於 0.1 μg/μl，一個定序反應至少提供10 μL。一次定序反應primer需5 μL，濃度應大於5μM。170元

      4. 基米規格P-PCR Product: PCR產物需大於 0.05 μg/μL，體積約 10 μL，附上電泳圖照片(標明樣品及DNA marker量)，於訂單上註明是否已純化。一次定序反應primer需5 μL，濃度應大於5μM。170元

      聯絡資訊

      seq305@gmail.com
      02-33665089        黃怡靜副技師

      台北市大安區長興街81號 305室

      l   如對本中心提供之核酸定序服務有任何問題或建議，歡迎來信告之。

      l   懇請您將有使用我們的服務所發表的期刊與我們分享，請於發表文章時惠予致謝台大生技中心核酸定序核心，以便於收集統計，做為服務成效評鑑之用。致謝文字參考如下:

      We would like to acknowledge the service provided by the DNA Sequencing Core of Center for Biotechnology , National Taiwan University.

      若您的論文已發表，請您將PDF 檔e-mail 給本核心實驗室(seq305@gmail.com)，無限感激。

       

      檔案下載

      請依不同類型樣品填寫不同的訂購單，校內規格定序樣品(S_SeqNTU)，基米規格 菌液/菌盤(B-Bacteria)，plasmid(D_Plasmid)和PCR product(P_PCR)

      Ø  注意事項:請於訂單備註處 填寫PI姓名

      B_Bacteria      D_Plasmid      P_PCR      S_SeqNTU